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决定从第二天开始停止攻击江户城，由此江户得以免于战火摧残。
终于到了四月十一日，这一天是值得纪念的一天。就在这一天黎明未明之时，前将军庆喜自东叡山出发到水户隐退；到黎明之时，江户城被交托到了官军的手中。天正十八年八月朔日，家康入城以来，至此二百七十八年，作为德川家的大本营而睥睨天下的江户城，从这一天开始彻底与德川氏脱离了关系。
对于幕府的废止感到不满，认为这是萨、长两藩的肆意所为而加以戒备的众人，在江户城内、关东各地以及奥羽地区等地纷纷举兵想要进行抵抗。然而前将军庆喜已经彻底归顺之后，这些抵抗也就相继遭到了镇压。坚守上野的彰义队于五月十五日遭到讨伐，以仙台、米泽为中心结成的奥羽二十五藩同盟也在六月到七月之间相继崩溃，抵抗最为顽固的会津也在四面楚歌的状况下于八月投降，旧幕兵最后的据点箱馆（函馆）的五棱郭也于明治二年五月十八日在榎本武扬与大岛圭介等人投降之后告破，所有的抵抗由此最终结束。
在会津攻城战中官军攻入城中之时，发生了两件将永远引人泪下的悲剧。一件就是白虎队的自尽。这是全部由十六七岁的少年组成的部队，在战斗中死伤惨重败退下来，幸存的二十名队员在打算进城而登上饭盛山的时候，俯瞰到遭到炮火轰击、被浓烟包围的会津城，以为城已失守，于是一齐向城中跪拜之后，或是切腹自尽，或是互相刺杀而亡。另一件则是妇女们的自尽。官军的男人们手执武器进入城内，留在家中的妇女们感到羞耻异常而纷纷自尽。会津家老西乡赖母家中，老母五十八岁，妻子三十四岁，妹妹二人分别为二十六岁和二十三岁，女儿五位分别是十六岁、十三岁、九岁、四岁、两岁，上述九人，加上寄居于此的亲戚十二人，一共二十一人全都自尽。这是最知名的例子，除此之外妇女们自尽的事情在其他家里面也有很多。
箱馆之战中，值得注意的是中岛三郎助父子的赴死一事。中岛是在佩里来航的时候，真正意义上最早登上军舰进行应对的第一人，是日本最早操练海军之人，是就连木户孝允也敬重佩服的英杰人物，然而他“未能忘却德川家至大之御恩泽”，与长男（二十二岁）、次男（十九岁）二人共同奋战，直至英勇赴死。这件事与奉行川路左卫门尉在听说明治元年三月十五日江户被移交给官军之时慨然自尽这一知名事件一起，成为德川幕府最后的一抹亮色。
五条誓文
上节将幕府的末路整理陈述至此，现在开始回到主题内容，说说朝廷令人拍手叫绝的新政。明治天皇于明治元年正月十五日十七之时元服成人，其后于三月十四日，率百官出紫宸殿，立国家大政方针五条，向天神地祇宣御誓，这被称作“五条誓文”，内容如下：
一、广开会议，万机决于公论。
一、上下一心，盛展经纶。
一、官武一体，以至庶民，各遂其志，毋使人心倦怠。
一、破除旧有之陋习，一本天地之公道。
一、求知识于世界，大振皇国之基业。
在宣布上述五条誓言的同时，明治天皇还向群臣下达了御笔宸翰，其主旨在于，自中世以来，人们虽然表面上尊奉朝廷，实则对其敬而远之，故而君臣之间相隔甚远，并未有君临天下之意；如今适逢朝政一新之时，国民之中但凡有一人未能得其所，便是天皇之罪过，故而天皇苦心孤诣以思策行良政；诸位大臣可认真领悟此方针，去除私见，以用公义，辅助天皇，保全神州，以此告慰历代天皇之神灵。这篇御笔宸翰，与五条誓文一样，乃是非常重要的文献，特别是其中有“天下亿兆，一人未能得其处之时，皆乃朕之罪过”之御笔，此乃外国所未曾见者，皇国政治之尊严也由此可见一斑。
四月二十一日，朝廷依照敕命修建凑川神社，开始祭祀楠木正成。这既是承袭了之前孝明天皇尊祭和气清麻吕一事，又成为之后相继尊祭新田义贞、菊池武、名和长年、北畠亲房以及同姓显家等人的先例。将这些往日的忠臣神格化加以祭祀，或是追赠官位等，让之后来到日本的拉夫卡迪奥·赫恩（Lafcadio Hearn，后称小泉八云）发出了由衷的感叹。
至五月，由于庆喜让位，德川本家由家达作为当主。天皇封本家于骏府（静冈），并授七十五万石。过去号称八百万石的德川本家，至此也只不过比御三家的尾州家仅仅高出一点而已。
八月二十七日，明治天皇在紫宸殿中依照古来仪轨，举行了即位仪式；九月八日，改年号为明治。在此之前一直称庆应四年，从这以后则上溯回推，将这一年定为明治元年。另外，在此之前每位天皇一代之中会使用数个年号，此时明治天皇针对这一点做出决定，从此之后一代只使用一个年号。
到九月二十日，天皇自京都出发，到十月十三日抵达东京，以江户城为皇居，并决定将其更名为东京城。江户改名为东京，并确立为帝国首都一事 [2] ，乃是在七月十七日的诏书之中已经决定了的事情，但是关东地区无论是镰仓还是江户，在漫长的时间里都是武家的大本营，京都方面对此十分抗拒；但是在打倒了幕府的同时，决定要将江户作为帝都以号令天下一事，其实是朝廷断然执行圣意的表现，并且还为全国百姓提供了身心一新的机会，乃是非常重要的事件。
废藩置县
虽然如上述一般各种改革在逐步进行，不过主要都是针对幕府所进行的，除此之外的大名则还残留着原来的模样。他们在大约两三百年的时间里领有固定的土地，土地及其人民都作为他们的私有财产一样的形式而存在。于是，有心之人从很早以前就开始提倡“版籍奉还”的必要性。版就是指土地，籍则是指人民。土地与人民并不归大名私有，因此有必要上交归还给朝廷，这便是版籍奉还的主张。不久之后，在明治二年正月，萨、长、土、肥四藩首先明确了这一意向，闻听此事的诸藩也相继提出建议，于是在六月十七日朝廷允许诸藩版籍奉还。朝廷让藩主成为藩知事，按照与从前一样的方式在当地行使行政权。这一时期成为藩知事的有二百七十六名。
全国土地全部归天皇所有，藩知事不过是根据天皇的任命而掌管行政的官吏而已，虽然朝廷已就此向民众进行了说明，但是土地也好人民也好，在几百年间固定并紧密地依附着大名，因此从实质上看还是大名的权威更高，并不能形成中央集权。朝廷如果要实行真正意义上的王政复古、百事一新的政治，就有必要革除全部的藩，在全国推行直辖管理。有感于这种必要性的人们虽然有很多，但是就在事情本身过于重大而难以说出口的当时，岛尾小弥太与野村靖等商量之后拜访山县有朋，向他说明废藩置县的必要性并获得其同意，此外又说服了井上馨。而如果想要将其施行，则必须得到木户与西乡两位参议的认可，首先山县去游说西乡。西乡默默地听完山县的话，最后回答道“好吧，如果木户君同意的话”。而跑去找木户的井上在说完之后，也得到了木户“赞成，只要得到西乡君的理解的话”这样的回复。六个人达成了一致。于是在明治四年七月九日的傍晚，除了西乡、大久保、山县、井上之外，还有西乡从道、大山严等人，聚集到位于九段的木户宅邸进行商谈，秘密地进行准备，在得到了敕许之后，七月十四日将藩知事一同召来，在天皇面前，传达了罢免知事的命令。以萨、长、土、肥为首，藩知事一同伏地拜受敕命。木户见此情形感慨不已，甚至不自觉地潸然泪下。令人惊叹的明治四年（1871）七月十四日，数百年间形成的割据之势，本以为难以废除难以更改的近三百藩，以此日为限统统废除，全国统归朝廷直属。而且这一政策居然是在毫无抵抗、无人不满的情况下顺利推行的。当时的英国公使帕克斯（Parkes）见到这一情况，惊叹道：“如果这是发生在欧洲的话，必然会导致持续数年的战乱吧。”
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[1] 即后文的胜海舟。————译者注
[2] 日本至今从未明确规定过首都的定义以及东京的首都地位。————译者注