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。夫良民奉法，而供赋以为常；敝民梗化，而逋赋亦以为常。在上者概议蠲免，是朝廷旷荡之恩，不足以劝善，而反以惠奸也。请自今地方非有重灾，不得议免。其悖顽多逋者，有司严法绳之，不得宽贷。则良民不致独累，而敝民亦知畏法矣。”
纶疏内又一款言：“国家众建卫所。棋列中外，除锦衣等卫，其在外卫所，通计额军三百一十三万八千三百名，而武官之数不与焉。其始军无缺伍，粮有定额，而食常足；今中外马步官军大约止可八十四万五千有奇，而粮饷积欠，兵益少而饷益乏。乞敕户部，清查原设卫所官军粮饷登耗之数，及会算原额起运存留钱粮造册，与抚按官查理，则天下之额饷可清矣。”
隆庆时，礼部覆礼科奏诸臣疏中言语：“字画务求便于省览。”穆宗曰：“今后诸司章奏，务词语简明、字画楷大如嘉靖初年式。”
隆庆时，穆宗问户部九边年例军饷太仓岁发及各省办纳之数。尚书刘体乾言：“国家边制，祖宗朝止辽东、大同、宣府、延绥四镇，继以宁夏、甘肃、蓟州为七，又继以固原、山西为九，今密云、昌平、永平、易州俱列戍矣。其防守士马，各镇原自有主兵，一镇之兵，足以守一镇之地。后主兵不可守，增以募兵募兵不已，增以客兵。调集多于往时，而坐食者愈众矣。其合用刍粮，各镇原自有屯田，一军之田，足以赡一军之用。后屯粮不足，加以民粮，民粮不足，加以盐粮，盐粮不足，加以京运。馈饷溢于常额，而横费者滋甚矣。府库空而国计日诎，田野耗而民力不支。今日缺乏之故，供边之费固其大者。因以元年至三年太仓及各省岁发兵饷与本镇屯粮之数备呈上览。”穆宗责以岁发银数甚多，臣下全不为国体恤。
隆庆时，湖广抚按上所属府州县官积谷不如数者，穆宗曰：“积谷备赈，屡有明旨。有司不以实举行，俱降调如例。今后抚按官宜严核分数参奏，勿徇私宽假。”
隆庆时，陕西总督都御史王崇古言：“迩者户部议边费，谓嘉靖初年止五十九万，后二十八加至二百十一万，又十年至二百四十余万，又五年至二百五十一万，而岁入不给。臣惟各边之增费，大都在蓟镇十七；在宣大、辽东、山西十二；而陕西四镇独延绥因选兵入卫，稍增十一。其甘、宁、固岁额京运，视嘉靖初非惟未增，抑尚多减。今甘肃五万一千有奇，宁夏四万五千，固原九万，延绥一十九万七千有奇。通计四镇岁额，止当蓟镇之半。陕西三边，东自延绥黄甫川，西抵甘肃嘉峪关，西南抵洮岷；远接四川松茂，延长数千里，各镇兵马总计兵二十余万，马十余万匹，以分守纡远之边，无所不寡。南番北虏，四时戒备。一岁刍粮数百万计除京运外，皆取足民屯盐粮，视他镇半请帑银者不同。今当于其费之多者查议节省，不宜复于少者而仍计减削以重苦之也。”
隆庆时礼部侍郎王希烈言：“三皇继天立极，功在万世。讵止一医，国家既祀于历代帝王庙，又祀于文华东室，乃又祀于景惠殿，杂以医师之流，亦渎且亵矣。况配以勾芒、祝融、风牧、力后，安取义乎？宜存其祠宇，栽其渎祀，于名义为得。”报罢。
隆庆时，御史刘翾言：臣顷见延绥下班军士，颠连憔悴，泣而诉曰：行粮月粮，朝廷所以养吾辈者非不厚也；年例新增，兵部所以请给发者非不时也；本色折色，督抚所以凭册报者非不足也。然而下情不通，胥至困毙者，一遏于仓攒之常例，而支放愆期；再渔于将领之使用，而扣克无度；三蚀于家丁之抑勒，而额外取嬴；四害于主兵之好逸，而分摆于极冲无暇之地；五迫于修边之太急，而督责以紧关难竣之工；六苦于撒放之太迟，而跋履于暑雨怨咨之日。枵腹以称戈，裂指以荷锸，故困踣至此“推之他镇，无不皆然。宜乘此撒防之日，亟为议处”。按此六弊，在今日尤甚。
隆庆时，大学士高拱请于兵部添设右侍郎二员，同额设侍郎，协理部事。平日则练习本部政务，或欲巡阅边务即以一人往，既便行事，又不烦于假借。或遇边方总督员缺，即以一人往，既可朝发夕至，又不费于那移。迨其出入中外，阅历既深，次第推调尚书员缺，如此而犹称乏用，必不然也。然兵乃专门之学，非人人皆可能，宜豫养以待用，而法当自兵部司属始。盖兵部司属，皆与闻军旅之事，而乃不择其人，泛然以用，又往往迁为他官，非惟无以备他日之用，而目下承行亦有不当者矣。今宜特高其选，而以有智谋才力者充之，使其专官于此，练习事务，不复他迁。而又议其升格，如边方兵备缺，即以兵部司属补；边方巡抚缺，即以边方兵备补；边方总督缺，即以边方巡抚补。而总督与在部侍郎，时出时入，以候尚书之缺。其他官中有特出文才能知兵事者，又闻取一二，以补不足。如此而称犹乏用，必不然也。
隆庆时，山西巡抚都御史靳学颜言：“今虏视边兵易与耳，然边兵则犹有战时，而以杀人为乐盗马斩级之事，接踵见焉。不独边兵，虽边民亦有奋死而一跃者，何者？彼固习见而数尝之。是以边兵则易腹兵，腹兵则易京兵，京兵则易南兵，谓其终世皆不尝寇，不足恃也。臣每见海内有寇，其将非阴医杂职，则职丞贰判簿；其兵非乡夫里保，则义勇快壮，而额设之兵，固不可用。往时流贼起霸州，无几竖子耳，几举中原之卫所而不能当，至不免于边军之调。嘉靖中年，倭寇发海上，五十余人耳，转掠十余府，至应天门外。而四十八卫者，无一人出撄其锋，卒见夷于淮扬民兵之手。此其明验也。然臣非谓尽去腹内之兵，谓既名以兵当责以实，欲责以实，当试以战，欲试以战，当限以轮番戍守之法。彼其或远而不可使，或弱而不愿戍，则优其身以自便，而移其食以解边。有事则按籍而征之，而馈饷一出于官；无事则任其自便，而耕商无异于民。要之，无事时多，有事时少也，而名籍屯政住居部署固在也。”
学颜疏中又言：“社仓即义仓也。唐时义仓之开，每岁自王公以下皆有入，是以其积独多。宋则准各民正税之数，于二十分而取其一，以为社。盖富者必田多，田多则税多，税多则社入多，亦唐意也。要之其出也，则中歉赈极贫；大歉赈中户；又大歉焉，乃沾及于富室。所谓恩泽之加，自无告始也。今之言官仓者，今年曰库无银焉；明年曰库无银焉。如是除八分纸赎乏外，无几耳。言社仓者，此曰官户当优免我也；彼曰役占我、科扰我也；又田多者曰我不愿赈于后，亦不愿出于今也。如是不过贫民下户之输，无几耳。是二法终不可行，而中原之空虚如故也。臣请下之各省，以唐、宋敛谷之法为则，而就土俗，合人情，限明春以里，尽报各府已前见贮之数，以品其虚盈；于明年冬末通计一岁二仓新收之谷，以验其功能。著而为令，岁岁修之，在官仓者时其丰歉而歉散之，利归于官。若民有大饥，则以赈之。在民仓者，时其丰歉而歉散之，利归于民。虽官有大役，亦不许借，此藏富于民，即藏富于官也。”
隆庆时，大学士高拱言：京师商人之累，非朝廷亏商，乃商费太冗耳。如供辩百金即有六七十金之费，少亦四五十金，是私费与官价常相半也。乃官价不以时给，则又有称贷之费，有求托吏胥之费，比及领价，所得不能偿其所失。故派及一家，即倾一家，人心汹汹，恶得而宁居也。夫至尊所居根本之地，必使百姓富庶，人心乃安，而缓急亦可有赖。祖宗取天下富室填实京师，盖为此也。独奈何使凋敝至此乎！先朝供用钱粮，召商买办，国用不诎，而商人得利。今估价给商，比之先朝，非节缩加少也，而民不沾惠，反凋敝若此。乞今后凡商人办纳钱粮，必估给价值，即银两不敷，亦必那移处给，无得后时。更须痛厘宿弊，凡公私费用，悉为禁止。则庶乎商困少苏，而京邑之民，可有宁居之望也。
隆庆时，大学士高拱言：“近来章奏，日趋浮泛，铺缀连牍，徒烦圣览。且言多意晦，端绪难寻，翻可窜匿事情，支调假饰，人臣奏对之礼，不当如此，请严加禁约。令内外诸司，凡有章奏，务在直陈其事，意尽而止；不得仍前铺缀，违者听该部科官参治。庶存恭肃之体，且还简实之风。”穆宗曰：“近来章奏，信多繁词。且语涉肆慢，甚非人臣奏对之体。所司通行严禁，违者部院及科臣劾治之。”
隆庆时，户部尚书张守直言：“自嘉靖十八年被虏以来，边臣曰请增兵，本兵日请给饷。盖自五十九万而增至二百八十余万，士马岂尽皆实数，刍饷岂尽皆实用耶？臣不敢远举，第以近年一二镇言之：如宣府之主兵一也，在嘉靖四十二年发银二万，后三年止一万，乃今至十二万矣；大同之主兵一也，在嘉靖三十六年发银二十二万，次年二十三万，乃今至二十七万，又以加兵复费十一万矣。举主兵而客兵可知，举二镇而九边可知。天下焉得不困乎？今即不能如国初故额，亦宜考嘉靖十八年以前近规，而汰其浮甚者。且九边去虏有远近，兵事有缓急，岂必尽烦内帑然后足用？宜令廷臣酌议减省，不得过岁入常数之外。臣亦移文督府，俾以岁用实数报部。臣具籍以进。”按此事至今益为滥费，必不可不一查核者。
隆庆时，都给事中光懋言：“近来陈乞纷然，非述讲读，则叙军功，不明功伐，则辩心迹。虽屡经参寝，而来者不止。请自后陈乞不由抚按者，一切寝阁。如再三渎奏及背理违法者，量惩一二，以儆其余。”
隆庆时，御史汪文辉疏论治体，内一段言：“祖宗立法，至为精密，而卒有不行者，非法之弊也，患不得其人耳。今言官条陈，皆因噎废食，锐意更张，部臣重拂其情，迁就题覆。及其法立弊生，又议复旧，非惟民无画一之守，而该部题覆，且日亦不足矣。自今宜求任事之人，勿重于违言官轻于变祖法。一切琐碎迂阔之说，悉格不行，此纷更当戒也。”
文辉疏中又一段言：“古之大臣坐事退者，皆征其词以养廉耻而存国体。今或掇其已往，揣其未形，以疑似影响，争相诟病，如市井喧闹，为众虽笑，是人已两失之也。至于方面重臣，苟非大奸极恶，亦宜弃短取长，为人才惜。今或搜其小疵，指为大蠹，极言丑诋，使决于引去，以此求人，国家安得全才而用之？此苛刻当戒也。”
隆庆五年春，令巡视五城御史缉治四方游民潜住京师者。
隆庆时，大学士高拱以款贡事竣，请赐敕一道，戒谕边臣。此后每年特差才望大臣或风力科道官二三员，分投阅视，要见钱粮比上年积下若干，险隘比上年增修若干，兵马比上年添补若干，器械比上年备造若干，其他屯田盐法以及诸事，俱比上年拓广若干，明白开报。若果著有劳绩，当与擒斩同功；若果仍袭故常，当与失机同罪。
隆庆时，吏部因户部参罚征赋不及格官员当降调，乃疏言：“地方有素称难处，各官恐其为累，亦有愿离地方以别就功名者，于是政拙催科，心甘降调，则本以示惩，适遂私计。若乃前官积逋数多，后官所征，止作前数，而见年之额，又称逋负俱非事理所安。此后宜以见年为正征，当年即完，以前负为带征，升续补足。总计分数若干，议定降格。其当降者，止降一级，仍在地方视事，俟完足之日，始复原官。复官之日，始计俸考秩，行取升迁。至于地方凋敝殊甚，虽尽力催征而亦不能完者，当令抚按官核实定限，许其从容征补。如资俸已深，限期未蒲而额有半完者，亦得升迁行取。”
隆庆时，南京户部主事张振选违抗堂官，尚书曹邦辅以为言，史部覆言：“上下之分定，而后纲纪正，政令行。迩来属官不受堂官约束，以语言相构，少不快意，辄排陷之。于是堂官不敢行其约束，而属官益得恣其胸臆，以违拗堂官为得计，自称风裁，而安意承行者鲜矣。其在外巡按御史，往往以进士推官知县有科道之望，引为私人，阴授以廉访之柄，二司贤否，悉出唇吻，少有不悦，遂成萋菲。二司畏惧，奉承之不暇，而何暇问其政事之得失乎？体统既乖，法度尽废，害政莫甚于此。”于是革振选职，仍通行内外属官，敢有抗违上官者，如振选例。上司有自降礼体款曲属官、平日不能督率、有罪不行纠治者，以不职论。巡按有庇护属官引为私人者，听吏部都察院参治。
穆宗尝食驴肠而甘，左右请诏，光禄曰：“若然，则光禄当日杀一驴以备宣索，吾不忍也。”乃止。