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一卷构成，相比只有三卷的《古事记》，足足有十倍以上的分量。从内容上而言，《古事记》是从神代开始记载到推古天皇治世为止，《日本书纪》的记事也始于神代，但一直记录到了持统朝，比《古事记》多记载了七代天皇的治世。此外，因为当时假名还没有出现，因此两者都是用汉字书写的，但是两者在汉字的使用方式上有所不同。例如，刚才所举的《古事记》中老鼠出来说的话里有这么一句：“内者富良富良，外者须夫须夫。”在这句话的“富良富良”和“须夫须夫”之下，都有“此四字以音”的注释，也就是说这四个字要用汉字原本的读音来读，而没有特别加这种注的地方则要以训读来读，因此刚才的这句话，就应该读作“うちはほらほら、そとはすぶすぶ”。而在《日本书纪》里，汉字的使用方式就不一样了。举个例子，神武天皇东征的途中，曾经在筑紫的菟狭川边上一个名为“一柱腾宫”的地方受到欢迎，而在这个地名下的注释写道：“一柱腾宫，此云阿斯毗苫徒鞅饿离能宫”，也就是说这个“一柱腾宫”四字，应该读为“あしひとつあがりのみや”。也就是说，《古事记》的记载以训读为本，在需要音读的部分专门加以标注，而与此相对的《日本书纪》则是专门标注了训读部分，换言之其他部分采用的都是音读。当然，实际上《日本书纪》里也有大量需要使用训读的内容，但是至少做好了以音读也能够顺利读下来的准备，换言之，这是一部准备让外国人也能读懂的历史书。
《日本书纪》的编纂者们，调查了中国与朝鲜的历史与古文献，希望编纂出一部完美无缺的史书，但是正因为如此，发生了一些有趣的事情。举例而言，假如现在要了解古代朝鲜历史的话，我们必须使用一部名为《三国史记》的书，这一部《三国史记》成书于高丽仁宗二十三年（1145），换言之是八百二十余年前的作品。然而实际上朝鲜地区早在这数百年以前就有各种各样的历史书了，为了研究这些朝鲜古代的史书，就不得不利用《日本书纪》。《日本书纪》中引用了不少《百济记》《百济新撰》《百济本纪》等史书，也就是说朝鲜的古文献在朝鲜半岛散佚了，反而是在日本的《日本书纪》中能够一窥原貌。
就连外国的史书都如此用心地调查过了，对于日本的古代历史记录更没有不仔细检查的道理。编纂者们将这些记事一一仔细检证，当发现相互冲突的记录时，没有简单地选择其中某一种，而是出于参考的目的，将这些互相冲突的记载罗列在了正式的记载后面，可见编纂者们的慎重。《日本书纪》中以“一书曰”起头，将出典各异的各种记录一一罗列，这是非常令人感动的。
《风土记》
最后来介绍一下风土记的情况。《古事记》成书于和铜五年，次年国家就向全国各地下达了命令，要求诸国编纂风土记，记载当地的土地状况、山川名称、风味特产与旧来的口头传说等，将这些东西整理成书，提交给朝廷。所谓的国，可以大致理解为现在的县，是各地的行政区域。诸国将这些内容调查后整理成书，书名就定为《风土记》。诸国当然都会提交编纂完成的《风土记》，但是这些书在后世逐渐散佚，大多数《风土记》都只能够从其他著作中找到几句引用而已，只有常陆（现茨城县）、播磨（现兵库县）、肥前（现长崎、佐贺县）、丰后（现大分县）四国的《风土记》分别流传下来了一部分，而出云（现岛根县）的《风土记》则全本流传了下来。各国《风土记》编纂完成的时间各有差异，《出云国风土记》的编纂完成时间是天平五年（733），从这本书中可以看到出云国的郡乡区划、位置、山川海岛、地名由来、特产、神社寺院、警备状况等，这些内容都得到了很好的整理。而读《出云国风土记》时最有趣的是，语部所传承下来的口头传说就像《古事记》里的一样，被原原本本地保存了下来。
所以号“意宇”者，国引坐八束水臣津野命诏（中略）栲衾·志罗纪乃三崎矣、国之余有耶见者、国之余有诏而。童女胸鉏所取而、大鱼之支太冲别而、波多须须支穗振别而、三身之网打挂而、霜黑葛暗暗耶耶尔、河船之毛毛曾曾吕吕尔、国国来来引来缝国者、自去豆乃折绝而、八穗尔支豆支乃御崎。
［意宇郡之所以名叫意宇郡，是因为国引坐八束水臣津野命的诏书中写道：“（中略）新罗的海角，也是我们国土的一部分。”于是他取过大锄，将大锄锄进土地里，用力一翻，接上结实的网子一点儿一点儿地将国土拖了过来，这片牵引过来的土地就是从去豆（现平田市小津）的海岸凸出来的海角。］
这是著名的国引神话，就和《古事记》里的“内者富良富良，外者须夫须夫”一样，将语部们代代传承的口头传说直接记载了下来。如果没有《古事记》或者《风土记》的话，这些故事最终要么消失，要么即使不消失，其内容也会随着口传而逐渐发生变化。这些故事能够在一千二百年前，通过文字记载的方式保存下来，我们没有理由不重视这些书籍。