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nbsp; 1943年（民国三十二年）四十八岁
主持史语所所务。
历史语言研究所调查关中、洛阳陵墓与石刻，以及陕西考古遗址。
9月，赴重庆出席国民参政会(第三届(第二次大会。
是岁发表的文字有：
《论李习之在儒家性论发展中之地位》，载1月1日《读书通讯》(第五十七期。
《理学的地位》，载3月1日《读书通讯》(第六十一期。
《盛世危言》，载5月2日重庆《大公报》星期论文。
《“五四”偶谈》，载5月4日重庆《中央日报》。
《跋〈人境庐诗革〉》，作于5月。
《战后建都问题》，载11月29日重庆《大公报》星期论文。
《〈史料与史学〉发刊词》，12月作于四川南溪李庄，载11月《国立中央研究院历史语言研究所集刊》外编(第二种《史料与史学》。
《丁鼎丞先生七十寿序》。
1944年（民国三十三年）四十九岁
主持史语所所务。
历史语言研究所调查广西土语及其他少数民族语言。
5月，历史语言研究所与中央博物院、北京大学、中国地理研究所合组“西北科学考察团”发掘敦煌墓葬。
6月，历史研究所自办子弟小学。
9月，赴重庆参加国民参政会(第三届(第三次大会。
是岁发表的文字有：
《天朝————洋奴————万邦协和》，载4月2日重庆《大公报》星期论文。
《“五四”二十五年》，载5月4日重庆《大公报》星期论文。
《我替倭奴占了一卦》，载7月9日重庆《大公报》星期论文。
《(第二战场前瞻》，载7月12日重庆《大公报》星期论文。
《现实政治》，载11月19日重庆《大公报》星期论文。
1945年（民国三十四年）五十岁
主持史语所所务。
4月，续任国民参政会(第四届参政员。
7月1——5日，与黄炎培、褚辅成、章百钧、冷遹、左舜生五位参政员代表国民参政会访问延安，商谈和平建国问题。
7月7——17日，出席国民参政会(第四届(第一次大会，向大会提出“彻查中央信托局历年积弊，严加整顿，惩罚罪人，以重国家之要务而肃官常案”。
秋，被任命为北京大学代理校长。
9月，接收“北平东方文化研究所”。
9月20——25日，在重庆参加教育善后复员会议。
11月，昆明西南联合大学发生学潮。次月，以校务委员身份，前往处理。
是岁发表的文字有：
《殷历谱序》，收入4月出版国立中央研究院历史语言研究所专刊《殷历谱》。
《罗斯福与新自由主义》，载4月29日重庆《大公报》。
《评英国大选》，载7月30日重庆《大公报》星期论文。
《黄祸》，载8月9日重庆《大公报》。
《〈六同别录〉编辑者告白》，收入《国立中央研究院历史语言研究所集刊外编》(第三种《六同别录》上册。
1946年（民国三十五年）五十一岁
1月，赴重庆出席政治协商会议。
历史语言研究所调查川南悬棺葬及川滇交界之僰人。
3月，出席国民参政会(第四届(第二次大会。
5月4日，由重庆飞北平，办理北京大学迁校事。
7月，胡适回国，9月出任北京大学校长。同月，卸去代理北大校长职务。
8月，兼任“北平图书史料管理处”主任。
11月，历史语言研究所自李庄迁返南京。
是岁发表的文字有：
《中国要与东北共存亡》，载7月30日重庆《大公报》星期论文。
《护士职业与女子理想》，《中央日报》（重庆）南丁格尔女士诞辰纪念特刊，5月12日。
《漫谈办学》，《经世日报》（北平），8月4日。
《倪约瑟博士欢送辞》，收入倪约瑟（JosephNeedham）、张仪尊译：《战时中国的科学》（二）。
1947年（民国三十六年）五十二岁
主持史语所所务。
2月，在《世纪评论》发表《这个样子的宋子文非走开不可》，举国注目，宋氏旋即辞职。
6月，赴美就医，携夫人与子仁轨同往，住波士顿（Boston）白利罕（PeterBentBringham）医院医疗，达三四个月之久。然后移居康乃提克州（Connecticut）之纽黑文（NewHaven）休养。
是岁发表的文字有：
《内蒙自治问题》，载1月15日《观察》一卷二十二期。
《这个样子的宋子文非走开不可》，载2月15日《世纪评论》一卷七期。
《宋子文的失败》，载2月22日《世纪评论》一卷八期。
《论豪门资本之必须铲除》，载3月1日《观察》二卷一期。
1948年（民国三十七年）五十三岁
3月，当选中央研究院(第一届院士及立法委员。
夏，离美返国。
8月，抵达上海。主持史语所所务。
秋，出席首届立法院会。
11月，国民政府宣布傅斯年为台湾大学校长。
12月，迁历史语言研究所至台湾杨梅镇。
是岁发表的文字有：
《论美苏对峙之基本性》，载9月1日《正论》新十一号。
《北宋刊南宋补刊十行本〈史记集解〉竣》，收入9月《国立中央研究院历史语言研究所集刊》(第十八本。
《〈后汉书〉残本跋》，收入9月《国立中央研究院历史语言研究所集刊》(第十八本。
1949年五十四岁
主持史语所所务。
1月20日，就任台湾大学校长。
11月，历史语言研究所发掘台湾大马璘遗址。
是岁发表的文字有：
《中国学校制度的批评》，载4月20日《台湾大学校刊》(第二十八期。
《傅斯年校长的声明》，载7月14日台北《民族报》。
《傅斯年校长再一声明》，载7月20日台北《民族报》。
《两件有关台湾大学的事》，载7月20日《台湾大学校刊》(第三十四期。
《台湾大学选课制度之商榷》载9月5日《台湾大学校刊》(第三十七期。
《台湾大学一年级新生录取标准之解释》，载8月24日《台湾新生报》。
《台湾大学与学术研究》，载10月24日《台湾大学校刊》(第四十一期附。
《大学宿舍问题》，载10月31日《台湾大学校刊》(第四十二期。
《自由与平等》，载11月20日台北《自由中国》(第一卷(第一期。
《苏联究竟是一个什么国家？》，载12月20日台北《自由中国》(第一卷(第三期。
1950年五十五岁
主持台湾大学校务与史语所所务。
台大校内发生弊案，保管股长杨如萍盗窃大量仪器，为此事件先生精神深受打击。
12月20日，下午十一时二十分，以脑溢血猝逝于台湾省参议会议场。
12月21日，遗体大殓，送往火葬场火化。
12月31日，治丧委员会及台湾大学假台大法学院大礼堂举行追悼会，蒋介石亲临主祭，并颁“国失师表”挽联，各界前往致祭者达五千余人。
是岁发表的重要文字有：
《几个教育的理想》，载2月6日《台湾大学校刊》(第五十六期。
《台湾大学附属医院组织章程草案说明》。
《〈台湾大学社会科学论丛〉发刊词》，载4月《台大社会科学论丛》(第一期。
《共产党的吸引力》，载4月16日台北《自由中国》(第二卷(第八期。
《台湾大学国文选拟议》。
《出席参政会驻会委员会对所询台大开除学生之说明》，载9月18日《台湾大学校刊》(第八十五期。
《致诸同学(第一封信》，载10月16日《台湾大学校刊》(第八十九期。
《致诸同学(第二封信》，载11月6日《台湾大学校刊》(第九十二期。
《关于台大医院》，载11月16日台北《中央日报》。
《我对萧伯纳的看法》，载11月16日台北《自由中国》(第三卷(第二期。
《一个问题————中国的学校制度》，载11月29日台北《中央日报》。
《中国学校制度之批评》，载12月15日、31日《大陆杂志》（台湾）(第一卷(第十一、十二期。
《台大办理本届一年级新生考试之经过》。
1951年
1月6日，傅故校长筹委会决议：一，骨灰安葬于校园。二，建立铜像。三，编印遗著及纪念刊物。
4月8日，台大本年度(第二次校务会议，洪炎秋、洪耀勋、苏芗雨三名教授提议，以“敦品励学，爱国爱人”八字为校训。
6月15日，台大出版《傅故校长哀挽录》全一册。
12月20日，台大安葬先生骨灰于台大植物园，后称之为“傅园”。
1952年
12月，台湾大学出版《傅孟真先生集》，共六册，胡适为之作序。